Die Artenvielfalt ist durch die unterschiedlichsten Faktoren wie Versiegelung, Zerschneidung durch Infrastruktur, intensive Landnutzung, boomende Freizeitaktivitäten, Verdrängung durch fremdländische Arten u.v.m. bedroht. 

Die Gefährdung der Arten lässt sich den Roten Listen entnehmen, die seit den 1970er Jahre erarbeitet und regelmäßig fortgeschrieben werden. Zahlreiche Arten sind bereits ausgestorben, viele Arten stark gefährdet oder vom Aussterben bedroht. Trotz aller Bemühungen des Naturschutzes setzt sich der Verlust der Artenvielfalt jedoch nahezu ungebremst fort (vgl. Bericht zur Lage der Natur).

Dabei sind der Erhalt und die Förderung der biologischen Vielfalt ein weltweites Ziel, welches durch zahlreiche Abkommen, Gesetze und Vorschriften geregelt wird. Ausgehend von der „Nationalen Strategie zur biologischen Vielfalt (NBS)" der Bundesregierung hat Nordrhein-Westfalen die Biodiversitätsstrategie NRW erarbeitet, in der die konkreten Ziele des Naturschutzes für die kommenden 10 bis 15 Jahre formuliert werden, um den Trend des Artenschwunds aufzuhalten und umzukehren.

Im Kreis Paderborn liegt ein besonderes Augenmerk auf dem Schutz der Feldvögel wie Kiebitz, Feldlerche oder Schafstelze, deren Bestände aktuell stark rückläufig sind und die auf eine vielfältige, eher kleinteilige Agrarlandschaft angewiesen sind. Gemeinsam mit den Landwirten werden auf den besiedelten Flächen Lösungen gesucht, die Landnutzung mit den Bedürfnissen der Arten zusammenzubringen. Dabei werden einzelne Neststandorte geschützt oder bis zu mehrere Hektar große Bereiche bis zur Ernte der angrenzenden Feldfrucht aus der Nutzung genommen.

Auch für die Kleine Bachmuschel (Unio crassus) hat der Kreis Paderborn eine besondere Verantwortung, denn die Art ist in NRW vom Aussterben bedroht und kommt nur noch an wenigen Standorten vor. Die Bestände werden durch besondere Maßnahmen im Artenschutzprojekt Bachmuschel gestützt, einmal durch die Verbesserung der Lebensraumbedingungen, zum anderen durch die Beimpfung von geeigneten Wirtsfischen (u.a. Elritzen, Stichlinge) mit den Frühentwicklungsstadien der Muscheln, den sogenannten „Glochidien“. Diese besiedeln zunächst die Kiemen der im Anschluss freigelassenen Fische und fallen später ab. Die winzigen entwickelten Bachmuscheln besiedeln dann ihre Lebensräume in Sand-Kiesgemisch des Graben-, Bach- oder Flussbetts und wachsen bis zu ca. 6 cm großen Tieren heran.

Die Biologische Station informiert im Rahmen Ihres Jahresprogramms über die vielfältigen Lebensräume und Arten im Kreis Paderborn. Gelegenheiten zum aktiven Einsatz für die Verbesserung von Lebensräumen bieten Arbeitseinsätze z.B. der Biologischen Station in der Senne oder in den Eggemooren sowie der lokal tätigen Arbeitsgruppen der Naturschutzvereine (Kreisgruppen von NABU und BUND, Gemeinschaft für Naturschutz im Altkreis Büren e.V. u.a.).